被保険者の資格管理・保険料の賦課・医療給付等は、各都道府県ごとに設立された後期高齢者医療広域連合が行います。 保険料の徴収および窓口業務は、被保険者の方がお住まいの市町村が行います。
財源構成は、公費（約5割）と後期高齢者医療制度以外の被保険者からの支援金（約4割）のほか、後期高齢者からの保険料（約1割）となっています。
将来の財政リスク等に備えて、国・都道府県が協働して責任を果たす仕組みが設けられています。
